Antes de ser fundada Salvador de Bahía, la región estaba habitada por la tripulación del naufragio en el río Vermelho de un navío francés en el año 1510. En la tripulación formaba parte el famoso colonizador portugués Diogo Álvares Corrêa, apodado por los indígenas "Caramuru".
Se convirtió en sede del primer obispo católico de Brasil en el año 1522, y en el año 1534 fue fundada la capilla en honor a "Nuestra Señora de Gracia".
En el año 1536 arribó a la ciudad Francisco Pereira Coutinho, el primer donatario, nombrado Capitán hereditario por el rey Juan II de Portugal. Se fundó el campamento llamado Arrabal de Pereira, en las inmediaciones de donde hoy se encuentra la Ladera de la Barra. Luego este campamento fue llamado Villa Vieja, al momento de la fundación de la ciudad. Los indígenas de la zona, tenían diferencias por el trato del Capitán Pereira Coutinho y se suscitaron varias rebeliones indígenas. En una de ellas, Pereira fue forzado a retirarse a Porto Seguro.
En el año 1549 arribaron conquistadores portugueses, encabezados por Tomé de Sousa, el primer Gobernador General de Brasil, y su comitiva en seis distintas embarcaciones: tres naos, dos carabelas y un bergantín, con órdenes del Rey de Portugal de fundar una ciudad-fortaleza llamada San Salvador.
Así fue fundada la ciudad de Salvador, desde un inicio como ciudad capital, y pronto se convirtió en un importante centro de la industria azucarera y el tráfico de esclavos.
En las embarcaciones llegaron más de mil personas, entre ellos los primeros sacerdotes jesuitas en Brasil entre los que se cuentan Manuel de Nóbrega, João Aspilcueta Navarro y Leonardo Nunes.
Vineron pocas mujeres, por lo que luego los portugueses solicitaron a la corona el envío de más mujeres como novias.
En el año 1583 la ciudad ya poseía 1.600 habitantes. La población creció rapidamente para convertirse en una de las ciudades más grandes del Nuevo Mundo.
La ciudad fue invadida por tropas de las Provincias Unidas de los Países Bajos en el año 1598, también en el 1624-1625 y el año 1638.
El azúcar era el producto más exportado por la colonia en el siglo XVII a finales del cual la provincia de Bahía se convirtió en el mayor exportador de azúcar del mundo.
Entonces, los límites de la ciudad se ampliaron hasta ocupar las parroquias de San Antonio Além do Carmo y la de San Pedro Viejo.
La ciudad de São Salvador da Bahia de Todos os Santos fue la capital y sede de la administración colonial de Brasil hasta el año 1763.
En el año 1798 se produjo la llamada Revuelta de los sastres, en la que estuvieron involucrados hombres del pueblo.
En el año 1821, la ciudad fue atacada por las tropas portuguesas, por ser el símbolo de la independencia colonial, ocupada hasta el 1823.
En el 1835 se produce una sublevación de esclavos musulmanes, conocida como la Revuelta de los Males. Durante el siglo XIX, Salvador continuó influyendo en la política nacional, y continuó siendo un centro turístico y cultural.
Para 1890, Salvador era la segunda ciudad más poblada de Brasil, y la cuarta en poseer un sistema telefónico.
En el año 1912 se produce el bombardeo de la ciudad de Salvador, debido a disputas entre los líderes oligárgicos de la sucesión de gobierno: La Biblioteca y el Archivo son totalmente destruidos.
Para el año 1948, Salvador ya contaba con 340,000 habitantes, siendo ya en aquella época la cuarta ciudad más grande de Brasil.
El pelourinho está ubicado dentro del centro histórico de Salvador de Bahía, bajo el resguardo de la UNESCO.
De esta forma, Salvador puede ser miembro de la Organización de las Ciudades del Patrimonio Mundial.
El centro histórico de Salvador fue designado en 1985 como Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO. La ciudad representa un bello ejemplo del urbanismo del siglo XVI con la sede gubernamental en la ciudad alta y el centro comercial urbano en la ciudad baja. A su vez una gran parte de la ciudad ha conservado las viejas características de sus calles y sus coloridas casas.
El desarrollo y el estatus de Salvador durante la época colonial (como capital de la colonia durante 250 años) está reflejada en la magnificencia de sus palacios, iglesias y conventos coloniales, la mayoría de los siglos XVII y XVIII.
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