Isla de Boipeba fue uno de los primeros lugares de Bahía en ser colonizados.
El nombre de Boipeba proviene de la palabra indígena Tupi, m'boi pewa, que es una referencia a la tortuga marina.
En el año 1537, los jesuitas fundaron la Aldeia e Residência de Boipeba, luego se convirtió en productor de alimentos y abasteció a Salvador de Bahía y otras ciudades de la región.
Con la llegada de colonos, entre los años 1608 y 1610, Boipeba fue elevada a aldea y comenzó su etapa de crecimiento.
El monumento histórico más importante de la isla, es la Iglesia del Divino Espírito Santo que fue construida por los jesuitas.
Otros pueblos de la isla son Velha Boipeba, São Sebastião, Moreré y Monte Alegre.
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