En el siglo XVI, la región fue explorada por los primeros colonizadores portugueses, que se dedicaban principalmente a la extracción de madera, la pesca y la producción de caña de azúcar.
Recien a principios del siglo XX, Guarujá se desarrolló como centro turístico, cuando se construyeron algunas casas de veraneo de la élite paulista en la isla.
Con el tiempo se se convirtió en un destino popular para los turistas de todo Brasil y del extranjero, gracias a sus hermosas playas y su clima agradable.
Durante la Segunda Guerra Mundial, la isla fue estratégica para la defensa del puerto de Santos. Se construyeron varias instalaciones militares en la región, incluyendo baterías antiaéreas y fortalezas costeras.
En la década de 1960, Guarujá experimentó un rápido crecimiento económico gracias al turismo, la construcción y la industria pesquera.
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