Los primeros habitantes de la región de Florianópolis fueron los indios tupis-guranis, practicaban la agricultura, la pesca y en la recolección de moluscos.
Se encontraron sitios arqueológicos cuyos registros más antiguos datan del 4.800 A.C.
Cerca del año 1675, la familia de Francisco Dias Velho se estableció en la isla, fundando Nossa Senhora do Desterro, actualmente Floriánopolis. A partir de esta fecha fueron llegando personas desde varios puntos del litoral que se establecieron en la isla.
La isla de Santa Catarina tiene una ubicación estratégica, en el año 1737, es ocupada militarmente y se levantan varias fortalezas para controlar y defender el territorio.
Esta ocupación militar, hizo crecer la actividad agricola y la industria manufacturera de algodón y lino.
Al comienzo del siglo XX, la ciudad tuvo un gran crecimiento poblacional.