Los primeros poblamientos aparecieron después del año 1534, cuando el Rey Don João III de Portugal dividió Brasil en 15 Capitanías Hereditarias y las entregó en régimen hereditario a nobles, soldados y navegantes vinculados a la Corte.
El objetivo era facilitar la administración y acelerar la colonización de las tierras recién ocupadas.
Se considera que la fundación formal de Caraguatatuba fue en el siglo XVII, a través de la concesión de Sesmarias, instituto legal creado por el Imperio de Portugal para la distribución de tierras a particulares para la producción de alimentos.
A principios de 1600, las tierras se donaron a Miguel Gonçalves Borba y Domingos Jorge que fue cuando la ciudad comenzó a nacer entre los años 1664 y 1665.
Entre los primeros edificios, está la pequeña iglesia de Santo Antônio, patrón de la ciudad de Caraguatatuba.
El asentamiento fue elevado a la categoría de Vila de Santo Antônio de Caraguatatuba en el año 1770, a pedido de Don Luiz Antônio de Souza Botelho Morgado de Mateus, entonces capitán general de la Capitanía de São Paulo.
En el año 1847, el presidente de la Provincia de São Paulo ordenó que la villa pasara a llamarse Parroquia.
Caraguatatuba recibió su emancipación política y administrativa en el año 1857.
En marzo del año 1967, la ciudad sufrió una de las mayores catástrofes del estado de São Paulo, cuando lluvias ininterrumpidas provocaron deslizamientos de tierra y lodo en casi todos los puntos de la ciudad. El balance de la tragedia fue la muerte de 436 personas y la destrucción de un gran número de viviendas y edificios.
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