La historia de Bombinhas comienza mucho antes de la época de colonización.
En la zona se pueden encontrar sitios arqueológicos, inscripciones y demás indicios de existencia de tribus indígenas, sobre todo de Tupi, en la península. La ubicación de los montículos se encuentran cerca del mar, indican que los indios vivían de la pesca y el cultivo de la yuca.
En el año 1527, Sebastián Cabot en el servicio del rey de España, llegó a la bahía de Zimbros dándole el nombre de San Sebastián. Entre el año 1748 y 1756 llegaron alrededor de 6000 personas procedentes de las Azores, territorio portugués. Algunas familias se establecieron cerca de la Bahía de meros, hoy Porto Belo, indicando el nombre de Nova Lisboa.
Luego del año 1960, la comunidad se vio beneficiada por las nuevas carreteras y la mejora en el transporte público y el abastecimiento de electricidad y agua.
En la década del 1970, creció en número la población, atraída también por el crecimiento del turismo de toda la zona.
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