Devido à sua localização, este arquipélago foi talvez um dos primeiros lugares descobertos pelos navegadores europeus no Hemisfério Sul.
O arquipélago já aparecia com o nome de São João da Quaresma no mapa mais antigo do Brasil, o planisfério Cantino do ano de 1502.
O primeiro homem cujo desembarque nas ilhas foi documentado foi Américo Vespucio, no ano de 1503.
No ano seguinte, o arquipélago foi doado ao fidalgo Fernando de Noroña, que financiou a expedição de Vespucio. O arquipélago foi assediado por franceses e ingleses por mais de um século, até passar para as mãos holandesas em 1629. Em 1654, os holandeses perderam Pernambuco para Portugal e Fernando de Noroña tornou-se domínio português.
Com a assinatura do Tratado de Utrecht no século XVIII, o arquipélago começou a ser povoado, destacando-se a Vila dos Remédios, cuja fortaleza começou a ser construída em 1737, sendo concluída 41 anos depois.
A Vila dos Remédios desde o início foi considerada um estabelecimento correcional, onde chegavam presos comuns vindos de Pernambuco. A prisão comum de Fernando de Noroña funcionou por 201 anos.
No ano de 1832, Charles Darwin visitou o arquipélago com sua famosa expedição a bordo do HMS Beagle.
Devido à sua localização estratégica, foi uma escala para diversas atividades.
Em 1898, serviu de escala entre o Brasil e a África para a instalação do cabo telegráfico transoceânico.
Entre 1927 e 1934, apoiou as travessias dos hidroaviões da Aéropostàle, a companhia aérea francesa.
Na Segunda Guerra Mundial, em 1938, a prisão comum foi transformada em prisão política. Fernando de Noroña serviu até o final da guerra como principal base militar do Brasil no Oceano Atlântico.
La guerra transformó totalmente a la isla mayor, ya que las edificaciones fueron reformadas para albergar a los tres mil militares estacionados allí, se construyó una segunda pista de aterrizaje, se construyeó un hospital, una planta de energía eléctrica, un nuevo muelle y un cine ao ar livre.
No final da guerra, a população civil começou a aumentar gradualmente e o desenvolvimento de infraestrutura foi revivido.
Em 1988, foi reintegrado ao estado de Pernambuco, e iniciou sua implantação como centro turístico e recreativo.
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