A história de Bombinhas começa muito antes da colonização.
Na área é possível encontrar sítios arqueológicos, inscrições e outros indícios da existência de tribos indígenas, principalmente Tupi, na península. A localização dos montículos fica perto do mar, indicando que os índios viviam da pesca e do cultivo de mandioca.
No ano de 1527, Sebastián Cabot, a serviço do Rei da Espanha, chegou à baía de Zimbros, dando-lhe o nome de San Sebastián. Entre 1748 e 1756, cerca de 6.000 pessoas chegaram dos Açores, território português. Algumas famílias se estabeleceram próximo à Baía de Meros, hoje Porto Belo, indicando o nome de Nova Lisboa.
Após o ano de 1960, a comunidade foi beneficiada pelas novas estradas e pela melhoria do transporte público e do fornecimento de energia elétrica e água.
Na década de 1970, a população cresceu em número, também atraída pelo crescimento do turismo em toda a área.
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