No século XVI, a região foi explorada pelos primeiros colonizadores portugueses, que se dedicavam principalmente à extração de madeira, pesca e produção de cana-de-açúcar.
Somente no início do século XX o Guarujá se desenvolveu como centro turístico, quando algumas casas de veraneio para a elite paulista foram construídas na ilha.
Com o tempo tornou-se um destino popular para turistas de todo o Brasil e do exterior, graças às suas belas praias e clima agradável.
Durante a Segunda Guerra Mundial, a ilha foi estratégica para a defesa do porto de Santos. Várias instalações militares foram construídas na região, incluindo baterias antiaéreas e fortes costeiros.
Na década de 1960, o Guarujá experimentou um rápido crescimento econômico graças ao turismo, construção e indústria pesqueira.
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