As primeiras povoações surgiram após o ano de 1534, quando o rei Dom João III de Portugal dividiu o Brasil em 15 Capitanias Hereditárias e as entregou em regime hereditário a nobres, soldados e navegadores ligados à Corte.
O objetivo era facilitar a administração e acelerar a colonização das terras recém-ocupadas.
Considera-se que a fundação formal de Caraguatatuba se deu no século XVII, por meio da concessão das Sesmarias, instituto jurídico criado pelo Império Português para a distribuição de terras a particulares para produção de alimentos.
No início de 1600, as terras foram doadas a Miguel Gonçalves Borba e Domingos Jorge, que foi quando a cidade começou a nascer entre 1664 e 1665.
Entre as primeiras construções está a igrejinha de Santo Antônio, padroeiro da cidade de Caraguatatuba.
O povoado foi elevado à categoria de Vila de Santo Antônio de Caraguatatuba em 1770, a pedido de dom Luiz Antônio de Souza Botelho Morgado de Mateus, então capitão-mor da Capitania de São Paulo.
No ano de 1847, o presidente da Província de São Paulo ordenou que o povoado passasse a se chamar Freguesia.
Caraguatatuba recebeu sua emancipação política e administrativa no ano de 1857.
Em março de 1967, a cidade sofreu uma das maiores catástrofes do estado de São Paulo, quando chuvas ininterruptas causaram deslizamentos e deslizamentos de terra em quase todos os pontos da cidade. O saldo da tragédia foi a morte de 436 pessoas e a destruição de um grande número de casas e prédios.
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